Manastırda, ilk defa restorasyon projesi ile uzmanlar nezaretinde yapılan çalışmalarla, manastırı saran beton ve çimentolu oldu bittilerden kurtarma süreci başlatıldı.

I.Etap olarak tanımladığımız restorasyon aşamasında; damları ve terasları beton katmanlardan kurtarma ve özgün örtüye kavuşturma, çalışmaları yapıldı.

Deyrulzafaran Manastırı; sanat ve mimarlık tarihi yönünden özel bir konuma sahiptir. Kültürel, estetik, teknik ve simgesel açıdan çok önemli bir yapıt özelliği taşıdığından, restorasyon projesi ve uygulaması yüksek önem arzetmektedir. Bu bağlamda var olan özgün malzeme ve tekniklerin maksimum seviyede kullanılmasına özen gösterilmiştir.

Kilise içinde duvarları çevreleyen frizlerin alt kısmında kalan sıvalar korundu. Üst kısımdaki sıva ve badana katmanları sıyrılarak ayrışmış olan taş örgünün güçlendirme çalışmaları yapıldı. Kilisenin ikincil bölümleri olan yan neflerde, duvarlar statik sorun yaratmadığı için, taş doku ihya edilmek suretiyle açıkta bırakılmıştır.